تشخیص انواع آفریقایی ،برزیلی و انگلیسی ویروس عامل کووید ۱۹ توسط تست های PCR
آیا می توان انواع آفریقایی ،برزیلی و انگلیسی ویروس عامل کووید ۱۹ توسط تست های PCR شناسایی نمود؟
طی چند روز اخیر که صحبت از تایید چند مورد از واریانت انگلیسی ویروس SARS-CoV-2 در چندین شهر کشور توسط وزارت بهداشت به میان آمده، یکی از سوالات اساسی در بین مردم و پزشکان این است که آیا این واریانت و سایر واریانت های جهش یافته از ویروس کرونا، توسط تست های PCR، موجود در آزمایشگاه های شبکه دولتی و خصوصی کشور قابل تشخیص اند و یا نیاز به تستهای خاص و روش های تکمیلی برای آنها وجود دارد.
پاسخ سریع به این سوال این است که “بلی”، هم واریانت انگلیسی و هم سایر واریانت های بوجود آمده از ویروس SARS-CoV-2، عامل COVID-19، در تمام آزمایشگاه هایی که مجوز انجام تست PCR این ویروس را دارند، همچون نوع کلاسیک (نوع ووهان یا چینی) تشخیص داده میشوند.
در حقیقت نوع انگلیسی یا سایر وارانت های نوظهور ویروس کرونا جدید، عمدتا در نواحی ای از ژن پروتئین اسپایک یا S ویروس دچار جهش شده اند، حال اینکه عمده کیتهای داخلی و وارداتی PCR (یا بطور دقیقتر RT-qPCR) ویروس کرونا نواحی دیگری از ماده ژنتیکی ویروس را شناسایی میکنند که در واریانت های جدید دستخوش تغییرات عمده نشده اند.
بطور دقیقتر، در این کیتها حد اقل دو ژن از ویروس بطور همزمان تشخیص داده می شود، که عمدتا یا ژن های N و RdRp (Orf1/b) و یا E و RdRp می باشد. استفاده از تشخیص بیش از یک ژن ویروسی توسط کیتهای PCR دارای مزیت دیگری نیز است و آن این است که اگر به فرض در اثر جهش در یکی از ژنها، واریانت نوظهور جدیدی بوجود آید که کیت PCR نتواند آن ژن را شناسایی کند، ژن دوم توسط همان کیت شناسایی می شود و از نظر قوانین احتمالات بسیار بسیار غیر محتمل است که یک ویروس در آن واحد به نحوی در هر دو ژن مذکور دچار جهش هایی شود که پرایمر-پروب های واکنش RT-qPCR امکان اتصال به آن نواحی را نداشته باشند و ویروس بوسیله کیت غیر قابل شناسایی گردند.
نکته : در کشور فقط دو نوع کیت وجود دارد که بجای تشخیص ژنهای E و N از ژن S و RdRp استفاده میکنند، که در وهله اول اکنون آن کیت ها عمدتا استفاده نمی شوند و در عین حال در بررسی آزمایشگاه رفرانس کشوری کرونا در انستیتو پاستور ایران بطور عملی مشخص گردید، که حتی کیتهای مذکور نیز نواحی از ژن S را هدف قرار میدهند که در واریانت انگلیسی ویروس دستخوش تغییر نشده اند و این کیت ها نیز قادر به تشخیص نوع جدید ویروس می باشند.
متاسفانه در این شرایط برخی از فروشندگان کیت های تشخیصی و نیز تعداد انگشت شماری از آزمایشگاه های کشور، با اهداف اقتصادی سعی در ماهی گریری از آب گل آلود نمودند و به این سردرگمی دامن زدند و عنوان داشته اند که کیت ها یا آزمایشگاه های مربوط به آنها، توانایی تشخیص انواع انگلیسی یا جدید ویروس را دارند. در حالی که با در نظر گرفتن مطالب اشاره شده در بالا، در می یابیم که اگر فردی دارای ویروس جهش یافته و جدیدی در بدن خود باشد، این ویروس در نمونه اخذ شده از آن فرد به راحتی در آزمایشگاه های دارای مجوز، بوسیله روش PCR تشخیص داده می شود.
